Wirtschaftsspiegel
Nr. 7211558
3 min
Lkw stehen auf einem Betriebsgelände
Praxis & Ratgeber

Neue Regeln für die Betriebsprüfung

von Melanie Rübartsch |

Seit September 2026 gelten neue Vorgaben für steuerliche Betriebsprüfungen. Eine gründliche Vorbereitung und die Pflege der Steuerdaten sind wichtiger denn je.
Dr. Fabian Schleithoff leitet den Geschäftsbereich Regionalpolitik Münsterland und Volkswirtschaft der IHK Nord Westfalen
Die Außenprüfungsordnung (ApO) regelt, wie die Finanzverwaltung Betriebsprüfungen durchführt. Bereits vor vier Jahren änderte der Gesetzgeber einige Paragrafen der Abgabenordnung, um Prüfungen zu beschleunigen. Mit der neuen ApO, die Mitte September in Kraft trat, hat die Finanzverwaltung ihre internen Regeln an die Gesetzeslage angepasst. Unternehmen sollten ihre Abläufe darauf abstimmen. „Die Prüfungen sollen dadurch schneller, strukturierter und datenorientierter werden“, fasst Dr. Fabian Schleithoff, Leiter Volkswirtschaft der IHK Nord Westfalen, zusammen. Unternehmer müssen ihre steuerlichen Prozesse klar dokumentieren und gut strukturieren. Klare Abläufe für Prüfungen sind unerlässlich.

Die wichtigsten Änderungen im Überblick:

  1. Zeitnahe Prüfungen:
    Die Prüfer sollen zeitnah tätig werden, idealerweise, solange die steuerlichen Verhältnisse aktuell sind. „Das ist eine erfreuliche Absichtserklärung“, sagt Jörg Hartmann, Wirtschaftsprüfer, Steuerberater und Geschäftsführer der Hartmann & Associates GmbH. „Doch konkrete Fristen fehlen.“ Unternehmen können keine schnelle Bearbeitung erzwingen. Immerhin: Für Steuern ab 2025 darf eine begonnene Prüfung maximal fünf Jahre dauern.
  2. Risikoorientierte Prüfungen:
    Prüfer konzentrieren sich auf Sachverhalte mit erheblichen steuerlichen Auswirkungen, etwa Verschmelzungen, Unternehmenskäufe, grenzüberschreitende Geschäfte oder auffällige Abweichungen im Mehrjahresvergleich. „Automatisierte Datenanalysen und Künstliche Intelligenz helfen der Finanzverwaltung, Auffälligkeiten zu erkennen“, erklärt Thomas Wember, Wirtschaftsprüfer, Steuerberater und Geschäftsführer der IMB Tax and Audit GmbH. Unternehmen sollten ihre Daten vorab analysieren, um Fragen der Prüfer beantworten zu können.
  3. Erhöhter Mitwirkungsdruck:
    Mit der Prüfungsanordnung werden die Unternehmen dazu aufgefordert, Daten zu festgelegten Prüffeldern zügig bereitzustellen. Bleibt eine Reaktion länger als sechs Monate aus, können Prüfer ein qualifiziertes Mitwirkungsverlangen stellen und ein „Mitwirkungsverzögerungsgeld“ verhängen – 75 Euro pro Tag, maximal 11.250 Euro. Bei Unternehmen mit mehr als 12 Millionen Euro Umsatz kann ein zusätzlicher Zuschlag von bis zu 25.000 Euro pro Tag fällig werden.
  4. Rahmenvereinbarungen:
    Bei umfangreicheren Prüfungen können Unternehmen und Finanzverwaltung nun Rahmenvereinbarungen über den Prüfungsablauf treffen. „Neben den Prüfungsschwerpunkten lassen sich feste Abläufe wie etwa regelmäßige Jourfixes und konkrete Ansprechpartner festlegen“, erläutert Hartmann. Vorteil: Mit einer Rahmenvereinbarung entfällt das Mitwirkungsverlangen. Allerdings ist die Rahmenvereinbarung „jederzeit einseitig kündbar“, so der Steuerberater.
  5. Erweiterter Zugriff auf Unterlagen:
    Prüfer dürfen auch ältere Bücher und Aufzeichnungen einsehen: „Die ApO stellt ausdrücklich klar, dass auch ältere Bücher, Aufzeichnungen oder Geschäftspapiere verlangt werden können, wenn sie zur Beurteilung eines Sachverhalts innerhalb des Prüfungszeitraums erforderlich sind“, erklärt Wember. Entdeckt der Prüfer andere Ungereimtheiten, kann er diese ebenfalls untersuchen.
Jörg Hartmann (l.), Wirtschaftsprüfer, Steuerberater und Geschäftsführer der Hartmann & Associates GmbH, und Thomas Wember, Wirtschaftsprüfer, Steuerberater und Geschäftsführer der IMB Tax and Audit GmbH
Empfehlungen für Unternehmen: „Klare Zuständigkeiten und belastbare steuerliche Prozesse sind entscheidend“, rät Hartmann. Dazu gehören eine nachvollziehbare Buchführung, definierte Ansprechpartner und eine lückenlose Dokumentation – besonders bei außergewöhnlichen Steuersachverhalten. Unternehmen müssen auch Jahre später noch Entscheidungen und Abläufe belegen können.

Zwischen Prüfungsanordnung und Prüfungsbeginn liegen meist nur zwei Wochen, bei Großbetrieben vier. „Testen Sie regelmäßig, ob Ihre Daten auf Knopfdruck verfügbar sind“, empfiehlt Hartmann.
Ein steuerliches Kontrollsystem (Tax Compliance Management System, Tax CMS) kann helfen, Prüfungen zu entspannen. Es zeigt, dass das Unternehmen steuerliche Risiken systematisch erkennt und steuert. „Das schafft Vertrauen“, sagt Wember. „Und bei Fehlern kann ein Tax CMS ein Indiz gegen Vorsatz oder Leichtfertigkeit sein.“
Die Kosten für ein Tax CMS variieren je nach Unternehmensgröße und Komplexität zwischen einigen Tausend Euro für Mittelständler und bis zu Hunderttausend Euro für große Konzerne. Ob sich die Einführung lohnt, hängt von der Unternehmensgröße, der Risikobereitschaft und den vorhandenen Ressourcen ab.